Diagnosa Penyakit Udang Windu dengan Logika Fuzzy

(Resume Jurnal)

Sumber:

Sistem Pakar Diagnosa Penyakit Udang Windu (Penaeus Monodon) Menggunakan Logika Fuzzy

oleh Darmawan Setyabudi

(Jurnal Ilmiah Ilmu Komputer, Vol 14 No. 1, Mei 2010 : 10 - 15)

Seperti yang kita ketahui, Penaeus monodon adalah udang yang paling potensial untuk dikembangkan. Namun ternyata budidaya udang windu banyak menyimpan permasalahan yang diakibatkan oleh penyakit yang menyerang. Oleh karena itu penyakit pada udang  windu harus bisa dideteksi sedini mungkin agar tidak menjadi wabah yang menyerang semua udang ditambak. 

Penyakit pada udang windu dapat dideteksi dengan cepat dari gejala klinis yang tampak pada fisik udang windu. Sistem dengan logika fuzzy ini diharapkan dapat membantu para petambak udang windu dan pihak-pihak yang berkepentingan untuk mendeteksi suatu penyakit udang windu pada tahap pembesaran sedini mungkin. Dalam implementasinya sistem ini menggunakan teknik pelacakan ke depan (forward chaining), teknik pelacakan ke belakang (backward chaining) dan logika fuzzy, dalam melakukan penarikan kesimpulan. Logika fuzzy digunakan untuk mendeteksi tingkat keparahan penyakit udang windu karena dinilai sangat tepat untuk mengadopsi kemampuan pakar dalam hal ini ke dalam sistem pakar yang dibangun.

Dalam sistem diagnosa ini, dibutuhkan input meliputi identitas udang, kondisi air tambak dan  gejala-gejala klinis  yang terjadi pada udang. Input berfungsi untuk menentukan tingkat pertumbuhan udang tersebut. Sedangkan output yang dihasilkan nantinya berupa status identitas udang, status keadaan air tambak, jenis penyakit dan tingkat keparahan penyakit yang menyerang udang tersebut juga rekomendasi untuk menangani semua keadaan yang telah terdeteksi oleh sistem. 

Tahap pertama adalah pengidentifikasian identitas udang dan lingkungan tempat hidup. Selanjutnya dilakukan pemeriksaan klinis udang secara general (umum) untuk mendapatkan data anatomi tubuh udang. Setelah diketahui keadaan udang tersebut terserang penyakit, dilakukan pemeriksaan secara detil untuk menentukan tingkat keparahan penyakit yang menyerang udang. Dalam implementasinya sistem ini menggunakan teknik pelacakan ke depan (forward chaining) untuk menganalisis status identitas udang, kondisi air tambak dan penentuan ciri khusus penyakit, teknik pelacakan ke belakang (backward chaining) untuk menentukan jenis penyakit dan logika fuzzy untuk menentukan tingkat keparahan penyakit. 

Alur Program Sistem Diagnosa Penyakit Udang Windu

Sistem Pakar Diagnosa Penyakit Udang Windu (Penaeus monodon) menggunakan logika fuzzy ini dikembangkan dengan menggunakan perangkat lunak Microsoft Visual Basic versi 6.0, Matlab versi 6.5, Microsoft Office Access 2003 dan  Microsoft Office Power Point 2003.

• Microsoft Visual Basic versi 6.0 digunakan untuk pembuatan model inferensi tentang status dan kondisi udang serta keadaan lingkungan.
• Microsoft Office Access 2003 digunakan sebagai tempat penyimpanan aturan untuk pencarian jenis penyakit dengan dengan mengeksekusi goal jenis penyakit. Goal jenis penyakit didapatkan dari ciri khusus penyakit.
• Matlab versi 6.5 digunakan dalam pembangunan sistem untuk identifikasi tingkat keparahan penyakit dengan menggunakan logika  fuzzy dan kaidah modus ponens. Metode  fuzzy yang digunakan dalam proses inferensi adalah metode Mamdani. Sedangkan  penarikan kesimpulan menggunakan  metode  Centroid.

Sebagai contoh, saat tahap pemeriksaan awal sistem akan meminta data mengenai identitas dan lingkungan udang windu, dilanjutkan dengan input perilaku udang. Kemudian sistem meminta input  pemeriksaan general. Dari tahap ini jika memang dibutuhkan maka sistem akan meminta pemeriksaan detail pada udang yang diidentifikasi. Pada teknik pelacakan ke belakang (backward chainning) sistem akan memulai pelacakan dari goalnya. Goal dianggap terbukti kebenarannya jika premis-premis yang menyusunnya terbukti ada pada input data. Jika premis yang menyusun suatu goal ternyata ada pada  input data maka aturan untuk suatu udang yang terserang penyakit tersebut terbukti kebenarannya.

Ada 4 macam variabel  input yang digunakan untuk menentukan tingkat keparahan penyakit yang menyerang udang, tetapi tidak semua jenis penyakit memiliki keempat variabel tersebut tergantung jenis penyakit yang menyerang. Keempat variabel tersebut adalah tingkat kerusakan (range nilai 0-100), tingkat keparahan luka (range nilai 0-100), tingkat bengkak (range nilai 0-100), dan beberapa perubahan warna organ (range nilai 0-10). Ouput  dari semua sistem ini adalah identitas udang, keadaan lingkungan air, dan output terakhir berupa jenis penyakit dan tingkat keparahan penyakit yang menyerang serta saran penanganan dalam menangani udang dengan penyakit dan tingkat penyakit yang telah teridentifikasi oleh sistem.

Sistem Pakar Diagnosa Penyakit Udang Windu (Penaeus monodon) menggunakan logika fuzzy  dapat membantu pengguna mengidentifikasi jenis penyakit dan tingkat keparahan penyakit pada udang windu secara langsung dengan cepat. Dari ujicoba yang dilakukan di dapat hasil akurasi 95% untuk penentuan jenis penyakit yang menyerang. Logika fuzzy yang digunakan dalam mengambilan keputusan tingkat keparahan penyakit menunjukkan nilai akurasi yang tinggi sekitar 85% sehingga mendekati cara pengambilan keputusan seorang pakar. Namun demikian, dalam penggunaan sistem ini masih memerlukan pakar ahli penyakit udang.

Download jurnal klik disini

»»  Baca Lanjutannya...

Aquaculture Bioinformatics (Resume Journal)

Identification of Immune Genes of the Agamaki Clam (Sinonovacula constricta) by Sequencing and Bioinformatic Analysis of ESTs

by 

Bingbing Feng & Lingli Dong & Donghong Niu & Shanshan Meng & Bing Zhang & Dabo Liu & Songnian Hu & Jiale Li 

Mar Biotechnol (2010) 12:282–291

Resume Jurnal

Salah satu komoditas penting budidaya di Cina adalah Kerang Agamaki (Sinonovacula constricta). Permasalahan yang muncul sekarang adalah kematian saat fase juvenil karena degradasi sumber daya genom dan polusi dari kepadatan tinggi akuakultur. Identifikasi penyakit atau gen yang resisten terhadap stres untuk perbaikan genetik kultivan yang dibudidayakan merupakan salah satu solusi yang dapat dilakukan. 

Expressed sequence tags (ESTs) merupakan salah satu kemajuan teknologi yang memungkinkan analisis DNA komplementer (cDNA) secara berkesinambungan dan dapat mengubah profil gen dalam sistem kekebalan tubuh. Secara khusus, EST adalah single-pass urutan parsial klon cDNA dan telah
secara intensif digunakan untuk penemuan gen dan pemetaan genom di banyak organisme.

Total RNAs yang diekstrak dari hati kerang Amagaki untuk selanjutnya dilakukan penyusunan data cDNA dan sekuensing DNA. Setelah didapatkan sekuen DNA, dilakukan perakitan, anotasi, dan analisis bioinformatika dari sekuen EST. Dari 5.296 DNA berkualitas tinggi EST yang telah disekuensing, sebanyak 540 gen berhubungan satu sama lain dan 3.473 gen tunggal diidentifikasi. Analisis BLAST homolog menunjukkan bahwa hanya 20,7% dari EST tersebut merupakan homolog gen yang diketahui sedangkan sisanya 79,3% merupakan urutan baru. Ini mungkin disebabkan oleh kurangnya informasi gen dari kerang dan normalisasi data cDNA, yang mengurangi banyak kelimpahan transkrip gen yang lebih tinggi.

Secara keseluruhan, analisis di atas menunjukkan bahwa kerang telah berevolusi dalam hal mekanisme pertahanan kekebalan yang rumit untuk melindungi terhadap tantangan lingkungan. Selanjutnya, penelitian secara mendalam dari gen pertahanan kekebalan tubuh dapat membantu dalam mengembangkan resistensi terhadap penyakit dalam perkembangbiakan kerang. Selain itu, urutan cDNA banyak yang baru dan telah diidentifikasi dalam penelitian tersebut. Selanjutnya analisis fisiologi, biokimia, dan fungsional protein in vitro akan meningkatkan pemahaman tentang pertahanan mereka dan mekanisme pertumbuhan dan berkontribusi untuk meningkatkan pelestarian kultivan yang dibudidayakan. 

Sumber jurnal klik disini

»»  Baca Lanjutannya...

Bioinformatika dalam Akuakultur

Karakteristik Sekuen cDNA Pengkode Gen Anti Virus dari Udang Windu, Penaeus monodon 

Oleh

Andi Parenrengi, Akimuddin, Sukenda, Komar Sumantadinata, dan Andi Tenriulo

(Jurnal Riset Akuakultur Vol. 4 No. 1, April 2009 : 1-13)

Resume Jurnal

Salah satu aplikasi penggunaan teknik biologi molekuler dalam bidang akuakultur adalah teknologi transformasi genenik atau transgenesis dapat dijadikan salah satu alternatif penyelesaian masalah penyakit pada akuakultur. Transgenesis dinilai sangat berpotensi dalam meningkatkan resistensi ikan dan udang terhadap serangan penyakit atau patogen dan dapat meningkatkan laju pertumbuhan.

Langkah awal dalam proses transgenesis adalah isolasi dan karakterisasi DNA komplementer (cDNA) pengkode antivirus dengan tujuan mengetahui tingkat kesamaan sekuen dengan gen anti virus yang ada dalam Bank Gen. Sampel yang digunakan haruslah yang lolos dari serangan WSSV karena diharapkan memiliki gen pengkode ketahanan penyakit yang umumnya diatur oleh promotor tertentu.

Tahap selanjutnya yaitu ekstraksi DNA dengan sampel hepatopankreas udang windu dan dilanjutkan denga sintesis cDNA dengan RT-PCR (Real Time PCR). Selanjutnya, isolasi gen anti virus dilakukan pada PCR dengan menggunakan cDNA sebagai templat DNA. Gen PmAV (gen pengkode anti virus udang windu) diisolasi dengan menggunakan spesifik primer yang dibuat berdasarkan sekuen pada GenBank. Gen anti virus hasil PCR selanjutnya dipurifikasi dan hasil purifikasi selanjutnya dilakukan penderetan (sekuensing).

Analisis data dilakukan dengan menyejajarkan sekuen nukleotida dan deduksi asam amino gen anti virus dengan sekuen anti virus dalam GenBank untuk mengetahui kemiripan gen yang dihasilkan dengan menggunakan program BLAST (Basic Local Aligment Search Tool) berupa BLAST-N untuk sekuen nukleotida dan BLAST-P untuk sekuen protein atau asam amino. Hasil penderetan selanjutnya dianalisis dengan program GENETYX ver 7 untuk mendapatkan kesamaaan sekuen, deduksi asam amino dan keberadaan parameter penanda signal anti virus.

Gen anti virus dari DNA komplementer (cDNA) hepatopankreas udang windu berhasil diisolasi dengan teknik PCR. Pita tunggal pada pemisahan fragment pada gel elektroforesis menunjukkan pada posisi 520 bp. Fagmen yang berhasil dimurnikan dijadikan sampel bahan untuk sekuensing.

Analisis BLAST-N menunjukkan kemiripan sekuen yang identik (100%) dengan gen anti virus, baik yang diisolasi dari mRNA maupun dari genom DNA udang windu. Perbedaan query adalah 100% dapat dipenuhinya gen yang diisolasi dari mRNA, sedangkan 95% pada gen yang diisolasi dari genom DNA. Hal ini menunjukkan sekuen anti virus udang windu (PmAV) yang diisolasi dari mRNA identik dengan sekuen dari gen yang diisolasi.

Tingkat kesamaan sekuen nukleotida yang tinggi memberikan indikator dalam kemiripan deduksi asam amino yang diperoleh setelah translasi melalui program Genetyx. Analisis domain deduksi protein cDNA antivirus udang windu menunjukkan ada kemiripan dengan C-type lectin-like domain (CTLD). CTLD tersebut merupakan salah satu indikator utama dalam prediksi karakter gen fungsional anti virus. Lectin dikenal memiliki peranan penting dalam sistem pertahanan non-spesifik invertebrata khususnya dalam fungsinya sebagai pengenal protein dan opsonin.

Hasil lain yang diperoleh yaitu gen anti virus yang diisolasi dari udang windu ini tersusun atas 170 asam amino yang dideduksi dari sekuen cDNA. Komposisi asam amino terbesar adalam serin (10%) dan yang terkecil adalah prolin dan lisin (masing-masing 1,76%). Dengan demikian didapatkan suatu kesimpulan bahwa isolasi dan identifikasi gen pengkode ketahanan penyakit merupakan langkah awal dalam upaya peningkatan imunitas udang. 


(Jurnal bisa dibaca dan didownload disini)

»»  Baca Lanjutannya...

Resume : Aplikasi Sistem Informasi Geografi untuk Penetapan Potensi Lahan Budidaya Perikanan di Kabupaten Sumedang

Kabupaten Sumedang, Jawa Barat mempunyai luasan wilayah 152.220 hektar dimana 22,07%-nya merupakan areal persawahan yang digunakan penduduk yang mayoritas mata pencahariaannya sebagai petani. Sisa luasan wilayah sebesar 77,93% memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai lahan perikanan, terutama budidaya. Potensi perikanan di Kabupaten Sumedang dapat diketahui salah satnya melalui aplikasi SIG (Sistem Informasi Geografis). SIG merupakan sistem yang dapat membantu dalam mengumpulkan, mengolah, dan menganalisis data dalam bentuk data spasial (keruangan) dan data atribut (deskriptif) yang dapat membatu mempercepat perencanaan dan penataan pengelolaan suatu kawasan lahan peruntukan. Aplikasi SIG dapat membantu dalam informasi penentuan lokasi yang potensial sebagai lahan budidaya perikanan di Kabupaten Sumedang.

Metode dalam aplikasi SIG menggunakan metode survei dimana peneliti menggunakan alat bantu perancangan SIG berupa software ArcGIS 9. Tahapan yang dilakukan dalam perancangan SIG antara lain:

1. Pengumpulan data

   Meliputi data sekunder dari sumber-sumber dinas setempat yang berkaitan dan data spasial sekunder yaitu peta tata guna lahan Kabupaten Sumedang

2. Pemasukan data grafis

   Digitasi dan updating data geografis serta menyusun data menurut topologi

3. Pemasukan data atribut 

  Meliputi parameter-parameter yang mempengaruhi kesesuaian lahan budidaya perikanan

4. Analisis data

   Dilakukan dengan metode deskriptif dan komparatif dengan mencari lahan di tiap kecamatan yang berpotensi sebagai tempat budidaya perikanan dengan kriteria-kriteria tertentu seperti jenis tanah dan kualitas air.

Indikator utama sebagai kriteria penetapan lahan yang berpotensi sebagai tempat budidaya adalah sumber air dan ketersediaan lahan. Sumber air (mata air dan sungai) merupakan hal penting dalam kegiatan budidaya karena diharapkan dapat mengatasi kekurangan sumber air saat musim kemarau. Sedangkan ketersediaan lahan (area persawahan dan tegalan) dapat dikembangkan sebagai tempat budidaya dengan konsep mina padi atau dengan sistem kolam.

Hasil dari SIG diketahui bahwa sumber air terdapat di daerah sumedang bagian utara dan sumedang bagian timur, sedangkan ketersediaan lahan terdapat di hampir semua wilayah Kabupaten sumedang. Penetapan lokasi yang berpotensi sebagai tempat budidaya berdasarkan 3 kriteria, antara lain:

a. Sangat berpotensi

   Jika wilayah tersebut terdapat sumber air dan ketersediaan lahan

b. Berpotensi

  Jika mempunyai salah satu indikator yaitu terdapat sumber air atau ketersediaan lahan

c. Kurang berpotensi

  Jika tidak terdapat sumber air maupun ketersediaan lahan, atau terdapat sumber air namun sudah tercemar

Hasil analisis data didapatkan wilayah-wilayah yang berpotensi sebagai tempat budidaya, yaitu:

a. Sangat berpotensi

   Meliputi sumedang bagian utara, tengah, dan timur, antara lain Kecamatan Cimalaka, Kecamatan Tomo, dan Kecamatan Damaraja.

b. Berpotensi

  Meliputi sumedang bagain utara hingga ke selatan, salah satunya Kecamatan Sumedang Selatan. Pada wilayah tersebut mempunyai ketersediaan lahan yang cukup namun sumber air kurang memadahi.

c. Kurang berpotensi

  Sebagian besar berada di wilayah Kabupaten sumedang bagian barat. Daerah ini tidak memiliki aliran sungai besar dan ketersediaan lahannya kecil. Selain itu pada wilayah tersebut berdekatan dengan wilayah industri yang dialalui sungai-sungai yang kurang memenuhi persyaratan baku mutu.

Sumber Artikel => Baca atau Download

»»  Baca Lanjutannya...

Aplikasi Bioinformatika dalam Budidaya Ikan

Ringkasan

TRANSGENIK MIKROINJEKSI: BIOTEKNOLOGI REPRODUKSI IKAN DI MASA DEPAN 

Kegiatan budidaya ikan yang menuntut pertumbuhan cepat dan tingkat kelangsungan hidup tinggi terkadang memicu dilakukannya upaya agar target produksi mencapai maksimal dengan meningkatkan laju pertumbuhan melalui faktor genetik yang merupakan faktor dasar pembeda pertumbuhan. Selama ini metode yang digunakan dengan berpedoman faktor genetik adalah selective breeding. Namun metode ini memerlukan waktu lama untuk mendapatkan gen yang stabil dan terbentuknya galur murni.

Salah satu upaya meningkatkan laju pertumbuhan ikan adalah melalui aplikasi bioinformatika. Bioinformatika mempunyai peranan penting, diantaranya untuk manajemen data-data biologi molekul, terutama sekuen DNA dan informasi genetika. Aplikasi bioinformatika dalam budidaya dilakukan dengan teknologi transgenik yang memungkinkan ikan budidaya memiliki sifat lebih unggul dibanding ikan normal. Transgenesis dilakukan dengan pengintroduksian satu atau lebih gen ke embrio suatu organisme yang selanjutnya gen tersebut dapat ditransmisikan pada generasi berikutnya.

Metode yang umum digunakan dalam transgenesis adalah metode mikroinjeksi dimana gen asing diintroduksikan ke dalam embrio ikan menggunakan sebuah jarum injeksi (Ф 5-7µm). Salah satu bagian penting dalam mikroinjeksi yaitu mikromanipulator yang berfungsi mengatur posisi sehingga jarum dapat menembus blastodisk telur, dan mikroinjektor mendorong larutan DNA yang akan dimasukkan pada bagian blastodisk.

Metode mikroinjeksi memiliki kelebihan dan kekurangan. Kelebihannya antara lain jumlah telur relatif banyak, fertilisasi eksternal yang memudahkan introduksi gen asing pengkode target, dan embrio ikan dapat dipelihara tanpa suplemen. Kekurangannya ialah sel telur harus bisa ditangani sehingga keberhasilannya sangat didukung keahlian operator, kekerasan dari lapisan korion dan lokasi penginjeksian yang dapat mempengaruhi persentase ikan pembawa kontruksi gen asing.

Transgenesis akan memberikan keuntungan terhadap calon gen termasuk pengaturan pertumbuhan dalam pengkodean pelepasan hormon pertumbuhan (Growth Hormone,GH) dan insulin sebagai faktor pertumbuhan. GH yang ditransfer melalui mikroinjeksi mampu meningkatkan keseimbangan positif Ca,Mg serta F dan menimbulkan retensi ion Na+,K+ serta Cl- sehingga efek dapat meningkatkan pertumbuhan tulang panjang dan tulang rawan.  Akhirnya ikan tumbuh lebih cepat dan besar dibandingkan ikan normal peliharaan.

Sumber :  Transgenik Mikroinjeksi:Bioteknologi Reproduksi Ikan Di Masa Depan

»»  Baca Lanjutannya...

National Center for Biotechnology Information (NCBI)

NCBI merupakan penyedia sumber informasi terkait yang dengan biologi molekuler. NCBI membuat data base yang dapat diakses oleh publik dan software penganalisis data genom. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa aktif dan taksonomi. NCBI menciptakan database publik, melakukan riset di dalam komputerisasi biologi, mengembangkan perangkat lunak (software) untuk meneliti genome data dan menginformasikan informasi biomedical dan pemahaman dari proses molekular yang mempengaruhi kesehatan manusia dan penyakit. Informasi yang berkaitan dengan biologi molekuler di NCBI dapat diakses melalui situs ini.

Halaman awal situs NCBI

NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para peneliti di dunia.  NCBI dibuat pada tahun 1988 sebagai bagian dari Perpustakaan Nasional Kedokteran di NIH untuk:

• Menciptakan sistem otomatis untuk pengetahuan tentang biologi molekuler, biokimia, dan genetika.

• Melakukan penelitian dengan metode canggih dengan menganalisis dan menafsirkan data biologi molekuler.

• Memungkinkan para peneliti bioteknologi dan tenaga pelayanan medis untuk menggunakan sistem dan metode yang dikembangkan.

• Pembangun dan penyedia GenBank, Entrez, Blast, PubMed. Sistem host online yang dikunjungi sekitar 1,8 juta pengguna per hari pada tingkat puncak 3.200 hit web per detik.

• Pusat untuk penelitian dasar dan pelatihan dalam biologi komputasi.

Program, databases and software yang terdapatdi NCBI antara lain:

1.  Entrez

Entrez merupakan  sistem  pencarian  informasi  dalam NCBI  yang menyediakan akses terintegrasi untuk melakukan  sekuensing, pemetaan  (mapping),  taksonomi dan data struktural.  Entrez  juga  menyediakan  gambaran  grafis  untuk  mapping  sekuen  dan kromosom.  Ciri  khas  dan  keunggulan  Entrez  adalah  kemampuan  untuk  pencarian informasi  terkait  sekuen,  struktur  dan  referensi.  Literatur  jurnal  yang  tersedia  dapat diakses melalui PubMed. PubMed merupakan alat penghubung pencarian di web yang menyediakan akses ke  lebih dari 11  juta sitasi  jurnal di MEDLINE. Entrez Gene adapat  diakses pada link ini.

2.  Nucleotide Database

Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber, termasuk diantaranya GenBank, Reference Sequence (RefSeq), Third Party Annotation (TPA) dan Protein Data Bank (PDB).

Genbank adalah database utama dalam biologi molekuler, yang dikelola oleh NCBI (National Center for Biotechnology Information). GenBank  merupakan  database  sekuen  genetik  dari  NIH  (National  Institutes  of Health),  berupa  koleksi  sekuen  DNA  yang  dapat  diketahui  oleh  publik.  Database GenBank dibiayai dan didistribusikan oleh NCBI. Data  sekuen dikirim  ke GenBank oleh peneliti dari seluruh dunia.

3.  Analisis Alligment  dengan Blast

Sekuen yang diperoleh dari hasil penelitian di laboratorium dapat dianalisis dengan data serupa yang telah dipublikasikan sebelumnya di gen bank. Salah satu bentuk analisis yang dapat dilakukan misalnya adalah anlisis penyejajaran. Analisis penyejajran dapat digunakan untuk membandingkan dua sekuen atau lebih. Program yang digunakan untuk analisis penyejajaran yaitu program BLAST (Basic Local Allignment Search Tools).

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu program untuk pencarian kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam identifikasi gen dan karakter  genetik. Program blast digunakan untuk mengidentifikasi gen homolog (serupa) pada organisme yang berbeda. Blast  dapat  melakukan  pencarian  sekuen  melalui  perbandingan dengan database DNA dalam waktu singkat (kurang dari 15 detik) misalnya molekul INS dari Homo sapiens dan Mus musculus. Program ini dapat diakses melalui website National Center for Biotechnology Information at The National Library of Medicine in Washington, DC (klik disini).

Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :

a. nucleotide blast  (blastn) 

  membandingkan  suatu  sekuen nukleotida   meragukan (query sequence) yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.

b. protein blast (blastp)

  membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein.

c. blastx

  membandingkan  produk  translasi  konsep  6‐frame  sebuah  sekuen nukleotida  (translated  nucleotide)  yang  kita  miliki  dengan  database  sekuen protein.

d. tblastn

  membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen  nukleotida  yang  secara  dinamis  ditranslasi  pada  semua  pembacaan  6  frame. 

e. tblastx

   membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

4. Desain Primer PCR (Polimerase Chain Reaction)

PCR melibatkan tiga langkah berikut: denaturasi, annealing dan ekstensi. Pertama, materi genetik (DNA) didenaturasi, mengubah untai ganda molekul DNA menjadi untai tunggal. Kedua, Primer kemudian mengikat ke DNA komplementer nya (annealing). ketiga, DNA akan digandakan/diperpanjang oleh DNA polimerase. Semua langkah ini sangat tergantung dengan suhu/ suhu sensitif yang pada umumnya terjadi berkisar pada suhu 94o C (denaturasi), 60o C (analling) dan 72o C (elongasi). Desain primer yang baik sangat penting untuk keberhasilan reaksi PCR.

5.Analisis Struktur Protein

Beberapa sekuens protein memiliki motif asam amino yang membentuk struktur terkarakteristik. Prediksi struktur tersebut berasal dari sekuens yang tersedia. Kebanyakan metode yang digunakan untuk membuat struktur protein dua dimensi maupun tiga dimensi tersebut hanya memiliki tingkat akurasi 70-75 %. Namun akurasi tersebut dapat meningkat seiring dengan semakin banyaknya penelitian yang dilakukan di bidang bioinformatika. Tujuan dari analisis struktur protein ini untuk mempelajari cara dan mendapatkan data struktur 3D protein dari genbank dan menganalisa struktur 3D protein menggunakan program Pymol.

NCBI mengkoordinir banyak sekali informasi bioteknologi. Pada halaman pertama website NCBI terdapat tab 'popular resource'. Tab tersebut yang berisi link-link ke jurnal-jurnal tertentu. Misalnya, ada PubMed yang berisi jurnal-jurnal kedokteran yang gratis dan biasanya terdapat full text-nya. Jurnal-jurnal tersebut berasal dari sumber terpercaya dan banyak dijadikan rujukan oleh para peneliti.

Referensi : dari berbagai sumber

»»  Baca Lanjutannya...