Identification of Immune Genes of the Agamaki Clam (Sinonovacula
constricta) by Sequencing and Bioinformatic Analysis of ESTs
by
Bingbing Feng & Lingli Dong & Donghong Niu &
Shanshan Meng & Bing Zhang & Dabo Liu & Songnian Hu & Jiale Li
Mar Biotechnol (2010) 12:282–291
Resume Jurnal
Salah satu komoditas penting budidaya di Cina adalah Kerang Agamaki (Sinonovacula constricta).
Permasalahan yang muncul sekarang adalah kematian saat fase juvenil karena
degradasi sumber daya genom dan polusi dari kepadatan tinggi akuakultur.
Identifikasi penyakit atau gen yang resisten terhadap stres untuk perbaikan
genetik kultivan yang dibudidayakan merupakan salah satu solusi yang dapat
dilakukan.
Expressed sequence tags (ESTs) merupakan salah satu kemajuan teknologi yang memungkinkan analisis DNA komplementer (cDNA) secara berkesinambungan dan dapat mengubah profil gen dalam sistem kekebalan tubuh. Secara khusus, EST adalah single-pass urutan parsial klon cDNA dan telah
secara intensif digunakan untuk penemuan gen dan pemetaan genom di banyak organisme.
Total RNAs yang diekstrak dari hati kerang Amagaki untuk selanjutnya dilakukan penyusunan data cDNA dan sekuensing DNA. Setelah didapatkan sekuen DNA, dilakukan perakitan, anotasi, dan analisis bioinformatika dari sekuen EST. Dari 5.296 DNA berkualitas tinggi EST yang telah disekuensing, sebanyak 540 gen berhubungan satu sama lain dan 3.473 gen tunggal diidentifikasi. Analisis BLAST homolog menunjukkan bahwa hanya 20,7% dari EST tersebut merupakan homolog gen yang diketahui sedangkan sisanya 79,3% merupakan urutan baru. Ini mungkin disebabkan oleh kurangnya informasi gen dari kerang dan normalisasi data cDNA, yang mengurangi banyak kelimpahan transkrip gen yang lebih tinggi.
Secara keseluruhan, analisis di atas menunjukkan bahwa kerang telah berevolusi dalam hal mekanisme pertahanan kekebalan yang rumit untuk melindungi terhadap tantangan lingkungan. Selanjutnya, penelitian secara mendalam dari gen pertahanan kekebalan tubuh dapat membantu dalam mengembangkan resistensi terhadap penyakit dalam perkembangbiakan kerang. Selain itu, urutan cDNA banyak yang baru dan telah diidentifikasi dalam penelitian tersebut. Selanjutnya analisis fisiologi, biokimia, dan fungsional protein in vitro akan meningkatkan pemahaman tentang pertahanan mereka dan mekanisme pertumbuhan dan berkontribusi untuk meningkatkan pelestarian kultivan yang dibudidayakan.
Sumber jurnal klik disini
Expressed sequence tags (ESTs) merupakan salah satu kemajuan teknologi yang memungkinkan analisis DNA komplementer (cDNA) secara berkesinambungan dan dapat mengubah profil gen dalam sistem kekebalan tubuh. Secara khusus, EST adalah single-pass urutan parsial klon cDNA dan telah
secara intensif digunakan untuk penemuan gen dan pemetaan genom di banyak organisme.
Total RNAs yang diekstrak dari hati kerang Amagaki untuk selanjutnya dilakukan penyusunan data cDNA dan sekuensing DNA. Setelah didapatkan sekuen DNA, dilakukan perakitan, anotasi, dan analisis bioinformatika dari sekuen EST. Dari 5.296 DNA berkualitas tinggi EST yang telah disekuensing, sebanyak 540 gen berhubungan satu sama lain dan 3.473 gen tunggal diidentifikasi. Analisis BLAST homolog menunjukkan bahwa hanya 20,7% dari EST tersebut merupakan homolog gen yang diketahui sedangkan sisanya 79,3% merupakan urutan baru. Ini mungkin disebabkan oleh kurangnya informasi gen dari kerang dan normalisasi data cDNA, yang mengurangi banyak kelimpahan transkrip gen yang lebih tinggi.
Secara keseluruhan, analisis di atas menunjukkan bahwa kerang telah berevolusi dalam hal mekanisme pertahanan kekebalan yang rumit untuk melindungi terhadap tantangan lingkungan. Selanjutnya, penelitian secara mendalam dari gen pertahanan kekebalan tubuh dapat membantu dalam mengembangkan resistensi terhadap penyakit dalam perkembangbiakan kerang. Selain itu, urutan cDNA banyak yang baru dan telah diidentifikasi dalam penelitian tersebut. Selanjutnya analisis fisiologi, biokimia, dan fungsional protein in vitro akan meningkatkan pemahaman tentang pertahanan mereka dan mekanisme pertumbuhan dan berkontribusi untuk meningkatkan pelestarian kultivan yang dibudidayakan.
No comments:
Post a Comment